Simultáneamente a las sesiones plenarias, tuvieron lugar las reuniones de los grupos de trabajo, en las que se sometieron a debate los documentos preliminares que,  previamente al Congreso, habían elaborado más de trescientos técnicos sobre cada uno de los 44 temas abordados.

Los grupos de trabajo constituyen el núcleo central del Congreso. La celebración de encuentros entre distintos profesionales y técnicos supuso un debate fecundo en torno a 44 documentos técnicos -correspondientes a otros tantos temas relacionados con el Medio Ambiente-. La participación de los congresistas en las reuniones definitivas fue intensa, y mediante las aportaciones, modificaciones a los textos presentados y los debates que se sucedieron, se han consensuado importantes documentos de análisis y  reflexión, propuestas de actuaciones y soluciones concretas a la amplísima temática medioambiental que fue abordada. 

La selección de estos 44 campos temáticos fue decidida por el Comité Organizador del Congreso, en función de su mayor interés medioambiental en el momento de celebración del Congreso.

Los grupos de trabajo celebrados trataron los siguientes temas:



1. Actuaciones medioambientales y líneas de financiación
2. Agricultura ecológica
3. Tecnologías de la información y medio ambiente
4. Automoción y medio ambiente
5. Biodiversidad
6. Cambio climático 
7. Competencias y legislación ambiental
8. Compromiso ambiental de los sectores industriales
9. Contabilidad y fiscalidad ambiental: internalización de costes
10. Degradación del litoral
11. Degradación del patrimonio
12. Delito ecológico
13. Deporte y medio ambiente
14. Depuración de las aguas residuales
15. Desalación
16. Desarrollo de los sistemas de vigilancia e información ambiental a nivel nacional y de las comunidades autónomas
17. Ecogestión y calidad total
18. Educación ambiental
19. El papel de los sindicatos en el medio ambiente
20. Envases y embalajes
21. Erosión y repoblación forestal 
22. Espacios protegidos
23. Evaluación de impacto ambiental y su seguimiento y control
24. Investigación y desarrollo. Tecnologís limpias
25. La capa de ozono y las sustancias que la afectan
26. La prevención de los incendios forestales
27. Participación pública y derecho a la información
28. Plan de Regularización de Vertidos
29. Plan Hidrológico Nacional
30. Problemática medioambiental de las actividades pesqueras
31. Residuos radiactivos de alta actividad
32. Salud y medio ambiente
33. Seguros de responsabilidad civil y la reparación de daños ambientales
34. Sistemas de vigilancia y control de la contaminación atmosférica
35. Situación de la gestión de los RSU, inertes e industriales
36. Situación de la gestión de los suelos contaminados
37. Transporte y medio ambiente: intermodalidad
38. Turismo y medio ambiente
39. Utilización de los espacios subterráneos para usos medioambientales
40. Actividades extractivas y medio ambiente
41. Conferencia Intergubernamental. La reforma del Tratado de Maastricht
42. Etiqueta ecológica
43. Economía y medio ambiente. Desarrollo sostenible
44. Contaminación acústica